《命令与征服：红色警戒3起义时刻》描述的是在《命令与征服：红色警戒3》经过激烈战斗后的时期，此时苏俄军队惨败，旭日帝国拼命想找回昔日的光荣与身份，而获得胜利的盟军却发现自己处于腐败与可能遭受欺骗当中；游戏除了每个阵营的战役外，还有一个关于旭日帝国英雄单位百合子的特别战役。