故事劇情將會大為分歧的劇情分歧系統
隨著故事進行，艾露迪在某個時間點將面對左右命運的抉擇。根據玩家在此的選擇，其後的故事走向將大為轉變，朝各種出人意表的高潮結局發展。

玩家只能操縱主角「艾露迪」
在推進本作的故事時，只需要專心操縱主角艾露迪，讓玩家容易將感情投射在主角身上，集中享受遊戲劇情。系統也排除了編組隊伍、參加公會或線上多人遊玩等對遊戲新手而言過於複雜的要素。

傳統的回合製戰鬥
本作的戰鬥系統採用傳統回合製戰鬥。不過，在「武器攻擊」、「道具」、「魔法」和「召喚玩偶」等元素方面都準備了豐富的選項，讓玩家能在戰鬥中享受到使用多樣化策略的樂趣。

藉由「修煉」和「生成道具」來依自己的喜好培育角色
玩家透過執行各種訓練和學習、研究等修煉項目，或是獲得戰鬥中掉落或在原野上蒐集的材料來生成道具的過程中，將不斷提升能力值。這樣的系統讓玩家可以有效率地依照自身喜好培育角色，並且實際感受到強度不斷爆升的爽快感，無須浪費時間練等。

以生動演技帶領玩家走入故事世界的豪華聲優陣容
Marika Kohno / Hirofumi Nojima /
Hisayoshi Suganuma / Yasunori Masutani / Ayaka atsuchi /
Karin Takahashi / Naomi Ozora / Shiori Mikami / Koichi Gomi /
Maki Tsuruta / Takahiro Yoshimizu / Daisuke Kishio / Kouta Nemoto /
Shuki Imagawa / Nao Katagai / Futa Inaba / Sho Fujisawa

本作《魔女之泉3 Re:Fine》特有的「召喚玩偶」系統
「召喚玩偶」在整個系列中是本作《魔女之泉3》特有的系統。孤獨的魔女艾露迪能夠將蒐集而來的生命力賦予給玩偶，並且在戰鬥中召喚這些獲得生命的玩偶，讓它們提供符合其特徵的支援。玩偶的外觀和大小形形色色，從動物型、人型到小型的玩偶一應俱全，玩家可以試著收藏，或挑一個喜歡的玩偶一起冒險。