本作为《零之轨迹》续作，延续《空之轨迹》三部曲的时空架构，同样叙述发生在塞姆利亚大陆上的事件。而整个轨迹系列内的许多组织、人物互有关连，形成错综的世界观与人事关系。克洛斯贝尔自治州，这个被埃雷波尼亚帝国和卡尔瓦德共和国夹在中间，以大陆上数一数二的贸易和金融都市为地位发展起来的区域，因某个狂热宗教团体引起的事件经历了一次危机。黑帮集团之间的对抗，谜之药物”真知”（Gnosis）事件，这一系列的事件因”特务支援科”的活跃而得以平安化解，自治州再次迎来和平。在将与教团和黑帮有牵连的帝国派和共和国派议员一扫而空后，迎来新市长的克洛斯贝尔似乎前途一片光明。但是，这对于即将迎来激荡时代的塞姆利亚大陆来说，只不过是片刻的休息罢了。这是为”在同样的时代生存下去”的故事，以此送给想要”跨越壁障”的所有的人……