《零之轨迹》开始于《空之轨迹the 3rd》结束的数月后，故事的舞台是大陆西部的克洛斯贝尔自治州。
克洛斯贝尔曾是帝国跟共和国争夺之地，如今则发展为大陆屈指可数的贸易金融都市。中心城市克洛斯贝尔市的规模，大约是前作利贝尔王都格兰塞尔的4到5倍左右。因为帝国与共和国的压力，受两国左右的官员们的政治斗争不断扩大，加上黑社会与国外犯罪组织的崛起，纷争事件频发。
为防止事件冲突进一步升级，克洛斯贝尔警察局新成立了特别任务搜查科，汇集了新人搜查官罗伊德·班宁斯，市长孙女艾莉·麦克道尔，年轻的魔导师缇欧·布拉托以及原警备队员兰迪·奥兰多，他们将会在这个光与暗的巨大都市里开创全新的冒险！