天命三国的剧情属于架空历史，由于上古时代黄帝战胜蚩尤，并将其封印在地底深处，东汉末年，朝廷崩坏，群雄并起，天灾不断，百姓流离失所，此时龙王为挽救天下苍生，欲拿出埋藏在龙宫深处的龙珠想制止洪水，不想却触动蚩尤封印，蚩尤借此分化分108道魔魂逃离此地，附身在各个势力当中以求他日其中一人能够收集其他107个武将身上魔魂，获得重生。

游戏包含丰富的内政系统，内政阶段使用探索指令除了可以寻得武将，还能获得各种物品，其中有增加新兵种的道具加忠诚度的宝物，还有增加能力的装备。

除内政系统外，游戏还包含丰富的武将养成系统，包含天赋选择。能力加点。可以任意培养出你心目中的武将。科技研发系统。从攻城器械到飞机大炮，只有参与人员智力高，应有尽有。从而改变战局，左右天下局势。

出色的外交系统，可以离间拉拢对方武将成为乙方阵营，从而做到不战而屈人之兵。

指令结束后进入地图战略阶段，在地图上的时间不是时时流逝的只有执行完当前所有指令，时间才会变化，玩家可随意选择自己城市内武将的行动，武将间可结成最多8人一队的军团，对战中可选择阵法及指挥武将行动，由于敌方的阵法是随机的，所以合理利用阵法对战局的胜利至关重要。

征战除了可以获得对方城池，还能俘虏对方武将，获胜者会将其关押在该城监狱里。可以随时进行劝降和斩首。当玩家攻克了所有势力城池，获得了108名武将可以解锁
魔神蚩尤复活剧情，反正则解锁天下统一剧情。